Depuis l'indépendance acquise le 6 juillet 1975, la Direction Nationale de la Statistique a toujours été administrativement rattachée au Département en charge du Plan en tant que structure chargée d'étudier et de suivre l'exécution de la politique de développement économique et social du Gouvernement. Il s'agit d'une tutelle administrative qui a connu deux grandes phases sur le plan institutionnel:
Durant la première phase qui va de 1975 à 2000, la Direction Centrale de la Statistique était rattachée à la Direction Générale du Plan (DGP), qui comptait en son sein la Direction de la Planification. La tutelle politique de la DGP était durant cette phase, passée de la Présidence de la République au Ministère en charge du Plan dont les attributions pouvaient varier avec les changements de Gouvernement. Le dernier décret portant organisation de la DGP porte la référence n°00-90/CE du 22 juillet 2000;
La deuxième phase débute par la transformation de la DGP en Commissariat Général au Plan, par décret n°01-106/CE du 4 septembre 2001, et son rattachement aux services du Chef de l'Etat jusqu'en 2006 où il a été institutionnellement lié au Ministère des Finances, du Budget et du Plan. Ce changement de tutelle n'a pas apporté de modification dans les missions et l'organisation du CGP en trois composantes : Direction de coordination et de contrôle des projets, Direction de la population et du développement, Direction Nationale de la Statistique.
Avant la promulgation de la loi statistique actuelle du 26 mars 2011, il n’existait pas de loi statistique propre aux Comores. On peut supposer qu’avant cette loi, ce sont les normes de la loi statistique française de 1951 qui ont servi de repère pour la gestion des activités du système statistique national.
Il a fallu 36 ans après l’indépendance des Comores pour avoir la première loi statistique. Désormais, l’organisation et la réglementation des activités statistiques en l’Union des Comores sont régis par la loi N° 11-003/AU du 26 mars 2011, promulguée par le décret N° 11-142/PR du 14 juillet 2011.
Avec l’adoption de loi statistique de mars 2011, portant organisation et réglementation des activités statistiques aux Comores, un nouveau système statistique national a vu le jour.